一、省
1.总督、巡抚、提学。
总督为正二品地方大员，兼尚书衔者为从一品，总管一省或数省之军政事务。
巡抚是一省的地方行政长官，例兼兵部侍郎和都察院右副都御史，资望高的巡抚也可加兵部尚书衔，故称“抚军”、“抚院”，俗称“抚台”。
提督学政主管一省学校、科举事务，俗称“学台”，其办事衙门称“学院”。
2.二司。
巡抚之下设置两个平行的省级机构布政使司和按察使司，合称二司。
二、道
省下设道，其长官称道员，俗称“道台”。道的主要职责是协助督抚及布、按二司管理地方政务，监督所属府、州、县。
依地域划分的道有“守道”和“巡道”两种。
三、府、厅、州、县
府是宣布国家政令的重要机构，其长官为知府，又称“黄堂”，京都所在府之长官称府尹。厅本不是固定的地方行政机构，知府副职同知或通判常被派出分防，专管某地方政务，其办理处所就叫厅。
州也分为直隶州和属州两种。
县是最基层的地方政府，隶属于府或直隶州。
四、里社制和保甲制
里社制基本承袭明朝里甲制。里社制的作用在于调查田粮丁口以作为征收赋役的依据。保甲制度采用保、甲、牌三级统属体制。保甲制与里社制的户籍统计有所不同，里社制以户为主，主要是为了弄清一户负担的田粮丁银情况，保甲制则以人为主，目的是弄清人口的流动情况。
五、特殊行政区的行政体制
在蒙古族聚居区实行盟旗制度。清朝在今新疆地区实行伯克制度。
清朝将东北封闭起来，实行军事统治、设置盛京将军、吉林将军和黑龙江将军统治东北，东北各族人民均被编入八旗制度下的基层军事组织牛录之中。清朝在西藏地区实行政教合一制度。
在南方少数民族地区，清初仍沿袭土司制度，实行间接统治。
