一、中华民国(护国)军务院的行政体制
为了统一西南护国讨袁军政事务，各省护国军于1916年5月8日在广东肇庆正式成立了中华民国军务院。
二、中华民国(护法)军政府的行政体制
军政府的行政体制基本上是按照民国初年议行分立的原则建立的，实行大元帅一元制。从形式上看，军政府改组后，实行总裁合议制，避免了个人决策的弊端。但是，由于军政府的领导权已落入西南军阀之手，军政府的性质已经发生了变化，所谓“总裁合议制”不过是军阀政客联合分赃的一种工具。
三、中华民国(护法)政府的行政体制
中华民国政府的行政体制基本上是按总统制原则建立起来的。总统既是国家元首，也是行政首脑，总揽政务，发布命令，统率海陆军，任免文武官员，对外代表中华民国。
四、陆海军大元帅大本营的行政体制
陆海军大元帅大本营以1924年1月国民党一大为界，可分为两个阶段。
第一阶段，孙中山通过总结两次护法运动的经验教训，开始放弃了“法、美共和国”的旧模式，既不以维护《临时约法》、恢复国会相号召，也不再恢复大总统名义，而是直接成立陆海军大元帅大本营统率各军，发号施令。
第二阶段，在共产国际和共产党的影响下，大元帅大本营的行政体制有了一些新的变化，其中最重要的是依据“党治”原则，开始接受国民党的指导和监督。
五、广州国民政府的行政体制
广州国民政府的行政体制与陆海军大元帅大本营比较，有明显的特点:
(1)“以党治国”的原则更为明确。
(2)采取委员合议制。
(3)实行党政合一的“一权制”。
六、武汉国民政府的行政体制
武汉国民政府成立后，对国民政府的行政体制作了若干变更:
(1)加强国民党对国民政府的领导。
(2)取消主席制，实行常委集体领导体制。
(3)改变国民政府委员会开会的法定人数。
(4)扩大政府行政机构。
(5)吸收部分共产党员参加政府工作。
