南京国民政府是一架庞大的官僚机器，整个中央政府，包括国民政府、五院及五院所属各部三个层级。
一、国民政府内部组织机构
1.国民政府主席。
国民政府主席既是政府首脑，又是国家元首，在训政初期，拥有较大的权力。
2.国民政府委员会。
国民政府内部的直属机构有秘书处、副官处和参事处。
二、五院及其所属机构
行政院于1928年10月设立，是国民政府的最高行政机关。
立法院于1928年12月设立，是国民政府的最高立法机关。
司法院于1928年11月成立，是国民政府的最高司法机关。
考试院1930年1月成立，是国民政府的最高考试机关。
监察院1931年2月成立，是国民党的最高监察机关。
三、五院以外国民政府直辖机关
军事委员会是国民政府的最高军事机关，由国民党中央执行委员会政治委员会选任委员长1人、委员若干人组成。委员长由蒋介石长期担任。
四、国民党中政会与国民政府的关系
南京国民政府成立后，为加强国民党对行政活动的控制，根据胡汉民提出的“继续一党的统治，而不使他人参加”的原则，采取了两个重要的步骤:一是颁布《训政纲领》，从法律上确立国民党一党专政的政治体制;二是提高国民党中央政治会议(简称中政会)的地位。
中政会是国民党一党专政的工具，其中心任务是保证国民党对国民政府的控制，进而实现对全国的专制统治;同时，它又是国民政府行使决策的发源机关，国民政府的一切施政方针均来源于此，在行政管理活动中处于举足轻重的地位。
