一、宰相制的废除和内阁制的确立
明朝废除宰相制，实行内阁制后，宰相制度的残余依然存在，出现了许多虽无权相之名却有权相之实的内阁首辅，但从制度上讲，内阁制度和宰相制度有根本的不同。
(1)从职务设置上看，历朝宰相皆定员定制，明朝大学士却无定员定制。
(2)从地位上看，宰相是法定的最高行政长官，六部及其他职能机构是其法定的下属机构，明朝内阁却不是法定的最高行政机构，其首脑内阁首辅也不是法定最高行政长官，六部也不是其法定的直接下属，有些阁臣品秩还低于六部尚书。
(3)从职权上看，历朝宰相拥有法定职权，即决策参与权和行政执行中的指挥权，而明朝大学士包括首辅在内仅充任皇帝个人的顾问和助手，仅有决策参与权，而不具备行政执行中的指挥权。明朝以内阁制度取代宰相制度，反映了我国封建社会晚期专制皇权的高度发展。
二、司礼监
司礼监是宫中掌内外章奏及批红大权的机构，设提督太监、掌印太监各一员，秉笔、随堂太监若干员。司礼监太监常作为皇帝的代表到内阁议事，以监控外廷，其权力超过内阁和其他任何中央机构。司礼监虽非正式政府组织，但从它在明朝政治生活中所起的作用看，实际已成为中枢决策机构的一部分。在决策权力上，它与内阁平分秋色，甚至压倒内阁。
三、六部
六部是明朝重要的职能机构，其地位和权力因中书省的废除而较前代空前提高，六部直接听命于皇帝，其间再无转承机关，成为事实上的中央最高行政机构。
四、五军都督府
在洪武十三年(1380年)改革中央行政机构的同时，也对军事机构作了分散权力的改革。大都督府被一分为五，设左、右、中、前、后五军都督府，分管所属在外都司和在京卫所，每府设左、右都督掌管府事，下设都督同知、都督佥事等职。
五、诸寺宜
明朝诸寺权力较前代相比大大减弱，它们虽在名义上是独立的中央机关，但实际多成为六部中相应部门的附属机构，只有大理寺的权力较前代有所增强。
明朝大理寺和唐宋时期的大理寺不同，它是最高审判机关，长官为大理寺卿，下设左、右少卿等。
