一、省三司分立与督抚的设置
洪武九年(1376年)，明太祖改地方权力集中的行中书省为三司分立:承宣布政使司(简称布政司)提刑按察使司(简称按察司)和都指挥使司(简称都司)。
二、道
道主要有两种:一是布政司系统的分守道，二是按察司系统的分巡道。它们分别是布、按二司的派出机构，其职责偏重于监察。分守道由布政司参政、参议主管所辖道之民政，代表布政使掌管所属府、县行政事务，是省府间的行政区。分巡道即按察司副使、佥事分区巡察，是省内小监察区。
三、府、州、县
明朝地方行政层级的变革要点有三:
(1)将元之宣慰司取消，重新按行政、司法、军事等不同事项划分不同的道区，设立不同的派出机关。
(2)将元之路的总管府、散府改为府，将某些大州升为府，因而府成为明朝中级地方行政区划的主干。
(3)宋时府是一种特殊区域，州是中级行政区划的主干，到明时州成为一种特殊区域，州领县远远少于府领县，且州之行政区域缩小。
四、乡老人制和里甲制
明朝对乡村的管理采取乡老人制和里甲制并行的统治方法。
乡里村民除纳税应役和严重违法犯罪外，和官府几乎没有任何联系，在很大程度上处于一种“自治”状态，明朝就是利用里甲制度和老人制度这两个系统来实现这种自治的。
五、边远地区的行政体制
明朝在边疆地区和内地少数民族地区实行一些特殊地方行政体制。
(1)洪武年间，明朝在西藏设立乌斯藏行都指挥使司和朵甘行都指挥使司。以后又在行都司下增设宣慰司、招讨司、万户府和千户府作为各级地方行政机构，委派藏族僧侣充任各级官职，通过他们实行对藏族人民的间接统治。
(2)在东北地区，明朝先后设辽东都指挥使与奴儿干都指挥使。都司长官及主要官员从内地选派，以下卫所长官则情况复杂，既有汉族人，也有东北各少数民族首领。
(3)在西北地区，明朝于永乐四年(1405年)设哈密卫，以当地少数民族首领充任卫指挥，统治今新疆等地。
(4)在西南少数民族地区，明朝实行土司制度，任命当地少数民族上层分子为土官进行间接统治，土官职位世袭。
