一、行政决策
1.临时大总统在决策中的地位。
临时政府的最高行政决策机关是由临时大总统与各部总长组成的国务会议。临时大总统作为国务会议主席，在决策中起着决定性的作用。无论是总统还是总长提出的决策都必须在国务会议上讨论，然后由临时大总统交参议院议决通过后，再由临时大总统盖印后交有关部门执行。
2.临时参议院对行政决策的影响。
临时参议院是南京临时政府的最高立法机关，不是行政机关，但是由于实行总统制，临时参议院与临时大总统的行政决策有着密切关系。临时大总统对于参议院议决事件，如认为不当，得于呈报后10日内说明理由交参议院复议。参议院复议时，如有2/3以上参议员仍持前议时，应按前议办理。由此可知，临时参议院实际上是参与行政决策的。
3.参谋本部在中央决策中的作用。
南京临时政府的军事机关是大元帅大本营和参谋本部。参谋本部实际上掌握着军事决策权和部分行政决策权。
二、行政执行
1.严格办事规程，保证决策的贯彻执行。
2.改革文书制度，提高行政效率。
3.行政执行中的种种阻力。
三、行政监督
南京临时政府与传统封建王朝相比，在行政监督方面最大的区别是创建了议会监督制。1912年3月11日颁布的《中华民国临时约法》和随后颁布的《参议院法》，进一步扩大了参议院的行政监督权。
